Nella Chiesa di San Nicola originariamente esistevano tre organi realizzati dal frater-organifex Tomáš Schwarz, membro laico dell’Ordine dei Gesuiti. Questi fu inoltre autore di altri organi in varie chiese gesuitiche fuori Praga. L’organo più grande costruito da Schwarz, testimonianza delle sue straordinarie capacità, è quello della Chiesa di San Nicola nel quartiere di Mala Strana, che è munito di tre manuali e 44 registri ed è situato sul coro occidentale della Chiesa. Questo organo fu suonato per la prima volta il 10 ottobre 1746.
È curioso che l’organo fu costruito e messo in funzione in un periodo in cui la chiesa non era ancora terminata e la navata principale era chiusa da una parete provvisoria con l’altare illusivo dipinto. Sicuramente non giovarono all’organo gli ulteriori interventi edili all’interno della Chiesa, come ad esempio l’abbattimento della parete provvisoria dopo l’annessione della navata principale alla cupola e lo smussamento della corrente superiore della volta della navata che consentì la realizzazione del grande affresco, opera di Lukáš Kracker.
Dal punto di vista fonico l’organo rappresentava il cosiddetto organo della Germania del Sud, all’epoca da noi molto comune. È da considerarsi una curiosità il banco della tastiera che risulta libero e non incorporato direttamente nella cassa fonica dell’organo.
Per l’organo di Schwarz fu fatale l’anno 1802 in cui venne a Praga l’abate Jan Vogler, teorico musicale tedesco, per presentarvi il suo sistema semplificatorio, che rendeva più facile suonare l’organo comportando purtroppo d’altra parte anche la semplificazione delle proprietà acustiche dell’organo stesso. L’intenzione era quella di adeguare il suono dell’organo a quello dell’orchestra. Anche se l’abate Vogler ebbe molto successo presso i musicisti e teorici di allora, alla fine si scoprì che l’esperimento non giovò affatto all’organo che perse molto del suo suono caratteristico, mentre sorgevano voci che chiedevano il suo restauro.
Solo nel 1835 il costruttore di organi Josef Gartner tentò di restituire all’organo il suo suono originario. Le canne rimosse da Vogler si erano nel frattempo perse per cui bisognava fabbricare tante canne nuove. Comunque anche in questo caso l’incipiente romanticismo modificò ulteriormente il suono dell’organo nello spirito della cosiddetta riforma ciciliana.
Nel 1904 il costruttore di organi Josef Hubička sostituì alcuni registri dalla lunghezza di traccia superiore con le voci equali non adeguate allo stile dell’organo. In questo stato l’organo si conservò fino ad un’altra discutibile ricostruzione, realizzata nel 1959 sotto la direzione del prof. J. B. Krajs. Anche se l’intenzione era quella di restituire all’organo il suo suono originario, contemporaneamente esso doveva essere anche ampliato di un registro diventando uno strumento enorme, come successe anche all’organo del 1702 nella Chiesa di San Jacopo a Praga. A causa della mancanza di fondi fu realizzato un nuovo banco delle tastature, furono rimosse le originarie parti meccaniche della trattura e fu introdotto il comando elettromagnetico delle valvole delle canne, inoltre furono aggiunte nuove camere d’aria per consentire l’ampliamento dell’estensione tonica e furono cromatizzate le ottave inferiori.
Nonostante tutti gli interventi di cui sopra è ancora possibile prendere in considerazione un accurato restauro dell’intero strumento come si fa attualmente con gli strumenti di questo tipo in tutto il mondo. Dal momento che nel nostro paese si sono conservati solamente alcuni organi barocchi a tre manuali, l’organo della Chiesa di San Nicola sicuramente meriterebbe tale intervento.
Mentre del grande organo di T. Schwarz si può ammirare la splendida cassa fonica ornata da un coro di angeli che suonano, il suo organo minore a due manuali e 18 registri si conservò intatto nello stato originario sul ballatoio sinistro sopra la Cappella di San Michele. Questo organo fu originariamente situato sulla galleria occidentale presso l’altare di Santa Maria di Foyenne e fu usato per le messe parrocchiali e scolastiche. Alcuni anni fa fu restaurato e oggi serve prevalentemente per i concerti.
Il terzo organo di T. Schwarz era probabilmente situato sul ballatoio destro della chiesa e aveva un manuale e 13 registri. Nel 1832 fu trasportato nella chiesa di Santa Maria della Neve dove purtroppo non si è conservato fino ai nostri giorni.

I collegi e i seminari gesuitici svolgevano da sempre un ruolo preminente nella vita musicale delle varie città, quindi anche nella Chiesa di San Nicola le esecuzioni musicali durante le funzioni sacre si attestavano su livelli elevati. L’orchestra e il coro musicale furono sempre diretti dai praefecti musicae scelti accuratamente tra i preti gesuiti, fino a quando l’Ordine dei Gesuiti non venne soppresso da Giuseppe II. Successivamente il coro e l’orchestra della Chiesa di San Nicola furono diretti da importanti compositori dell’epoca, come ad esempio Vincenc Mašek negli anni 1795-1831, e l’organo venne suonato da musicisti del calibro ad esempio di František Xaver Brixi, prima del 1759, di Karel Pitsch negli anni 1832-1858 e di Josef Foerster dal 1858 al 1861.
Praga commemorò anche la morte di W.A. Mozart con il suo Requiem eseguito nella Chiesa di San Nicola dall‘orchestra del teatro di Praga, poco dopo la morte del genio.