Tout au début, l’église possédait trois orgues, œuvres du membre laïc de l’ordre de Jésuites frater-organifex Tomáš Schwarz. Ses orgues décoraient aussi les intérieurs des autres églises jésuites en dehors de la ville de Prague. La preuve des aptitudes extraordinaires de Tomáš Schwarz est à trouver à l’Eglise Saint-Nicolas: son plus grand instrument, l’orgue à trois claviers et à 44 jeux dont les tons retentirent pour la première fois sur la tribune occidentale le 10 octobre 1746.
Il est intéressant que l’orge fut construit pendant que les travaux sur l’église n’étaient pas complétement achevés. Pendant cette période la nef n’était provisoirement achevée qu’à l’aide d’une cloison décorée d’un autel peint imaginaire. Sans aucun doute, les adaptations ultérieures à l’intérieur de l’église endommagèrent l’orgue. Il s’agissait avant tout de la démolition de la cloison provisoire après que l’intersection de la nef et de la coupole et la fresque immense (œuvre de Lukas Kracker, 1760) furent terminés.
Cet orgue représentait un type d’orgue, à l’époque très répandu dans notre pays, le soi-disant «orge de l’Allemagne de Sud». Sa spécification consistait en console retournée, tandis que les types précédents n’étaient dotés que de la console en fenêtre qui faisait partie du buffet. C’était en 1802, année fatale pour l’orge de Schwarz, que le théoricien musical allemand, abbé Jan Vogler arriva à Prague pour présenter son système de simplification. Ce système avait pour son but la simplification du jeu, mais malheureusement, la simplification de la sonorité aussi. Son inténtion était de remplacer tout l’orchestre par un seul orgue. Même si cette innovation de l’abbé Vogler jouissait d’un grand succès auprès des experts en musique ce n’était que le temps qui montra que l’orgue avait perdu beaucoup de sa sonorité légendaire et que l’experiment de Vogler avait échoué. C’est alors que les premières propositions pour la reconstruction surgirent.
En 1835, Josef Gartner essaya de reconstituer la sonorité originalle de l’orgue. Les tuyaux disparus pendant les adaptations de Vogler durent être refaits. Toutefois, l’arrivée du romantisme à l’époque influança de nouveau la sonorité de l’orgue dans l’esprit de la soi-disante réforme cécilienne.
En 1904, le connaisseur d’orgue Josef Hubička, remplaça plusieurs jeux par des voix égales peu convenantes. C’est dans cet état que l’orgue resta jusqu’à une autre reconstruction problématique qui fut dirigée par le professeur J.B. Krajs en 1959. Même si cette reconstruction avait le même but : reconstituer la sonorité originale de l’orgue, les spécialistes envisageaient en même temps l’élargissement de l’instrument à un orgue à quatre claviers à l’instar de l’orgue de l’Eglise Saint-Jacques de Prague où cette reconstruction avait été réalisée en 1702. Faut d’argent une nouvelle console fut érigée, les parts de la traction mécanique furent enlevées. Le fonctionnement des clapets était assuré par les aimants éléctriques et de nouveaux sommiers furent ajoutés pour agrandir les étendues des tons, de basses octaves furent nuancées.
Néanmoins, malgré toutes les interventions, les restaurations effectuées respectent toutes les règles de piété comme il est habituel en ce qui concerne d’autres instruments similaires dans le monde. En Tchéquie, il n’y a que peu d’orgues baroques à trois claviers et c’est pourquoi l’orgue de l’Eglise Saint-Nicolas mériterait le même soin et attention.
Tandis que nous pouvons admirer le beau buffet du grand orgue décoré d’un chœur d’anges et sa belle console bien conservée, une autre œuvre de T.Schwarz ne devrait pas échapper à notre attention. C’est un orgue plus petit, à deux claviers et à 18 jeux qui s’est conservé, musicalement intact, sur la galerie de gauche, au-dessus de la chapelle de Saint-Michaël. Cet orgue était placé originairement au-dessus de la chapelle de Notre-Dame de Foi, sur la galerie occidentale et il était au service de la paroisse et pendant les messes. Cet orgue a été restauré, il y a quelques années, et aujourd’hui il est joué avant tout pendant les concerts.
Le troisième orgue, œuvre de T. Schwarz, se sera trouvé sur la galerie de droite et il avait un seul clavier et 13 jeux. En 1832, cet orgue fut transporté à l’Eglise de Notre-Dame de Neige. Depuis cette date son destin n’est pas documenté.

Le colège et le séminaire jésuites jouissaient toujours d’une position importante dans la vie culturelle musicale des villes. C’est pourquoi, à l’église de Saint-Nicolas, on tenait à un niveau très élevé des productions musicales pendant les messes. La musique écclesiastique était conduite par praefecti musicae, membres du collège de jésuites jusqu’à l’abolition de l’ordre (Joseph II). Après eux, la direction du chœur et de l’orchestre de St Nicolas fut conferée aux compositeurs célèbres de l’époque : Vincenc Mašek (1795-1831), František Xaver Brixi (avant 1759), Karel Pitsch (1832-1858) et Josef Foerster (1858-1861).
En même temps, après la mort de Wolfgang Amadeus Mozart, Prague lui rend hommage par son fameux Requiem exécuté par les membres de l’orchestre de St Nicolas.